Изобретение относится к области экспериментальной медицины и микробиологии и описывает способ определения наличия газовых сигнальных молекул в метаболитах микробиоты человека. Способ характеризуется тем, что осуществляют выращивание культуры микроорганизмов в течение 24 часов в аэробных, микроаэрофильных или анаэробных условиях при температуре 37°С, после инкубирования забирают пробу, представляющую собой пар над питательным бульоном, и проводят анализ пробы в режиме программирования температуры в течение от 6 до 15 минут, детектор ПИД используют для определения углеродсодержащих газов в течение 15 минут, детектор ЭЗД для определения NO, H2S, Н2О в течение 12 минут, детектор ДТП для определения Н2, О2, N2 в течение 6 минут. Изобретение позволяет определять наличие газовых сигнальных молекул, выделяемых микробиотой человека, и далее использовать их в качестве маркеров в диагностике заболеваний различного профиля. 3 пр.