Изобретение относится к селекции растений, в частности льна, и может быть использовано в практической работе для ускорения создания линий льна, устойчивых к антракнозу, путем использования незрелых зародышей и культурального фильтрата гриба Colletotrichum lini. Для этого незрелые 8-9-суточные зародыши льна-долгунца культивируют на модифицированной селективной среде (MS или Sh-2), содержащей 35,0 мл/л культурального фильтрата гриба Colletotrichum lini и регуляторы роста в составе 1,0 мг/л 6-бензиламинопурина +0,05 мг/л 
-нафтилуксусной кислоты. Сформированный первичный морфогенный каллус переносят на модифицированную селективную среду (MS или Sh-2), содержащую 40,0 мл/л культурального фильтрата гриба Colletotrichum lini и регуляторы роста в составе 1,0 мг/л 6-бензиламинопурина +0,05 мг/л 2,4-дихлорфеноксиуксусной кислоты. Далее культивируют морфогенный каллус на модифицированной селективной среде (MS или Sh-2), содержащей 60,0 мл/л культурального фильтрата гриба Colletotrichum lini и гормоны в составе 1,0 мг/л кинетина +0,05 мг/л 2,4-дихлорфеноксиуксусной кислоты. Затем культивируют морфогенный каллус на среде, не содержащей токсические метаболиты гриба-возбудителя антракноза, до формирования побегов и укореняют побеги на среде до получения растений-регенерантов. Изобретение позволяет повысить частоту регенерации генотипов льна-долгунца в селективных условиях до 35% и ускорить создание линий льна, устойчивых к антракнозу.