Изобретение относится к медицине, а именно к онкостоматологии и лабораторной диагностике, и может быть использовано для прогнозирования неблагоприятного течения новообразований слизистой оболочки полости рта (СОПР). Определяют в ротовой жидкости ДНК вирусов Эпштейна-Барр (EBV), вируса простого герпеса 1 типа (HSV), наличие изъязвления ткани опухоли. Устанавливают стаж работы в условиях химического производства, вредного для слизистой оболочки полости рта (вредное производство). Рассчитывают величину y - вероятность неблагоприятного течения - по заявленной формуле. Нормализуют данный показатель в проценты. При значении y от 1 до 30% определяют низкую степень риска неблагоприятного течения новообразований СОПР. При y 31-70% - среднюю степень риска. При значении y более 70% - высокую степень риска неблагоприятного течения новообразований СОПР. Способ позволяет провести прогнозирование неблагоприятного течения новообразований СОПР за счет оценки комплекса наиболее значимых факторов риска. 1 табл., 3 пр.