Изобретение относится к области медицины, в частности к микробиологии, лабораторной диагностике и педиатрии. Предложен способ оценки уровня резистентности организма подростков 12-18 лет по состоянию бактериального и вирусного компонента микробиоты полости рта, включающий проведение бактериологического исследования с выявлением представителей условно-патогенной микрофлоры и молекулярно-генетического исследования ротовой жидкости на наличие ДНК герпесвирусов: Эпштейна-Барр, цитомегаловируса, герпеса 6 типа, вируса простого герпеса 1 и 2 типа. У подростков 12-18 лет, не имеющих в микробиоте полости рта S.aureus и M.lacunata и герпесвирусов, определяют высокую резистентность организма, среднюю резистентность - при наличии S.aureus или M.lacunata в количестве 1-2 lg КОЕ/мл и одного герпесвируса, низкую резистентность - при выявлении S.aureus или M.lacunata в количестве 3-4 lg КОЕ/мл и наличии двух и более герпесвирусов в ротовой жидкости. Изобретение обеспечивает эффективное определение уровня резистентности организма подростков 12-18 лет по качественным и количественным параметрам бактериального и вирусного компонента микробиоты полости рта и повышение информативности о состоянии резистентности подростков данного возрастного контингента на этапе диспансеризации. 5 табл., 3 пр.