Изобретение относится к медицине, в частности к стоматологии, и может быть использовано при эндодонтическом лечении пульпита или периодонтита. Для этого после инструментальной обработки корневого канала и его ирригации перед пломбированием применяют глубокое фторирование стенок корневого канала путем последовательной обработки стенки канала раствором слабокислого магниево-фтористого силиката и щелочной суспензии высокодисперсной гидроокиси кальция, причем длительность аппликации каждой жидкости составляет 1 минуту. Способ позволяет предотвратить развитие патогенной микрофлоры в системе эндодонта за счет длительной и надежной герметизации дентинных трубочек, открывающихся в просвет корневого канала зуба.