Изобретение относится к области охраны окружающей среды и предназначено для комплексной очистки слабопроточных водоемов. Согласно способу площадь водного объекта разделяется на ряд участков. На каждом из участков производится выемка загрязненных донных отложений - механическая очистка. Одновременно производится удаление донных отложений и поэтапная биологическая очистка. Биологическая очистка производится с анализом результатов очистки каждого участка для последующей коррекцией биологической очистки для определения количества этапов внесения биологического вещества и его объема. Биологическая очистка осуществляется путем введения в водоем альголизанта. Технический результат: повышение эффективности и экологичности очистки воды и донных отложений водоема. 6 з.п. ф-лы, 1 табл.