Изобретение относится к области медицины, а именно к кардиологии. В день проведения холтеровского мониторирования в первой половине дня натощак последовательно проводят вегетативные пробы - пробу с контролируемой частотой дыхания (ПКЧД) и пробу с физической нагрузкой (ПФН) с периодом отдыха между ними в течение 5-10 мин. Фиксируют I период времени, соответствующий 3-минутному интервалу в конце 30-минутного периода спокойного бодрствования, II период, соответствующий 3-минутному интервалу времени от начала проведения ПКЧД, III период, соответствующий 3-минутному интервалу времени от начала проведения ПФН. Рассчитывают для каждого периода SDNN, дельта X, Mo, LF, HF, отношение LF/HF и по наличию выраженных изменений временных показателей, а именно более 3% при проведении ПКЧД и 5% при ПФН по сравнению с их уровнем в покое, выраженных изменений спектральных показателей более 10% при ПКЧД и более 15% при ПФН диагностируют наличие синдрома вегетативной дисфункции. При значениях низкочастотного показателя LF более 1400 мс 2, высокочастотного HF менее 900 мс2 , отношении LF/HF больше или равно 2,5 при проведении ПФН диагностируют синдром вегетативной дисфункции по симпатикотоническому типу, при значениях низкочастотного показателя LF более 1200 мс 2, высокочастотного HF более 1050 мс2 , отношении LF/HF меньше или равном 1,2 по данным ПКЧД-синдром вегетативной дисфункции по ваготоническому типу. Способ расширяет арсенал средств для диагностики дисфункции и типа дисфункции вегетативной нервной системы у детей и подростков. 5 табл.